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Abstrait

Un pipeline informatique pour générer des motifs de liaison au CMH

Peng Wang, John Sidney, Alessandro Sette, Bjoern Peters

Contexte : Les molécules de classe I du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) jouent un rôle clé dans l'immunité de l'hôte contre les agents pathogènes en présentant des antigènes peptidiques aux cellules T CD8+. Il existe de nombreuses variantes de molécules du CMH, et chacune a une préférence unique pour certains ligands peptidiques. Des approches expérimentales et des algorithmes informatiques ont été utilisés pour analyser ces caractéristiques de liaison du CMH aux peptides. Traditionnellement, les spécificités de liaison du CMH ont été décrites en termes de motifs de liaison. Ces motifs classent certaines positions peptidiques comme ancres primaires et secondaires en fonction de leur impact sur la liaison, et ils répertorient les résidus préférés et délétères à ces positions. Cela fournit un résumé concis et facilement communicable des spécificités de liaison du CMH. Cependant, jusqu'à présent, il n'existe aucun algorithme permettant de générer de tels motifs de liaison de manière automatisée et uniforme. Résultats : Dans cet article, nous présentons un pipeline informatique qui prend les données de liaison du CMH aux peptides en entrée et produit un motif de liaison du CMH concis. Nous avons testé notre pipeline sur un ensemble de 18 molécules de classe I du CMH et avons montré que les motifs dérivés sont cohérents avec les attributions historiques des experts. Conclusions : Nous avons mis en œuvre un pipeline qui codifie formellement les règles pour générer des motifs de liaison au CMH. Le pipeline a été intégré dans la base de données et la ressource d'analyse des épitopes immunitaires (IEDB) et les motifs peuvent être visualisés lors de la navigation dans les allèles du CMH dans l'IEDB.