L'empreinte génomique, où les gènes d'un parent ont des propriétés d'expression différentes de celles de l'autre parent, se produit chez les plantes. Il a des conséquences potentiellement importantes en raison de l'importance des hybrides dans l'évolution et la sélection des plantes, et fournit un mécanisme qui peut masquer la variation génétique pendant de nombreuses générations. L'étude de l'organisation nucléaire montre que la position des chromosomes et des génomes est liée à l'empreinte chez les hybrides F1, les génomes périphériques ayant tendance à s'exprimer préférentiellement. Chez certains hybrides polyploïdes consanguins, comme Triticale (un hybride blé x seigle), le traitement avec l'agent de déméthylation azacytidine libère une variation cachée, qui a peut-être été perdue en raison de phénomènes d'empreinte.