Journal des techniques de chromatographie et de séparation
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Abstrait

Évaluation de six protocoles d'extraction de protéines à partir de jeunes panicules de riz par électrophorèse bidimensionnelle

Huang X, Zhou H

ABSTRAIT

Pour la plupart des approches protéomiques rapportées, l'extraction des protéines et la préparation des échantillons sont d'une importance cruciale pour des résultats optimaux. Cependant, l'extraction des protéines à partir des tissus des plantes cultivées reste un grand défi en raison de la faible teneur en protéines et de l'abondance des métabolites secondaires qui interfèrent de manière importante avec la focalisation isoélectrique et l'analyse protéomique ultérieure. Jusqu'à présent, aucune tentative n'a été menée pour comparer les procédures d'extraction des protéines à partir des jeunes panicules de riz. Pour établir un protocole d'extraction de protéines à haute efficacité adapté à l'électrophorèse bidimensionnelle (2-DE) dans les jeunes panicules de riz, six protocoles de préparation des protéines ont été évalués : (1) Extraction au phénol ; (2) Extraction au Mg/Nonidet P-40 (NP-40) ; (3) Précipitation à la Tris-Base/acétone ; (4) Extraction au SDS ; (5) Extraction à l'acide trichloracétique (TCA)/acétone/phénol ; (6) Précipitation au TCA/acétone. L'étude démontre explicitement que la méthode TCA/acétone/phénol offre une efficacité d'extraction de protéines à partir de jeunes panicules de riz bien améliorée par rapport aux autres protocoles en termes de qualité supérieure du gel 1-DE, du nombre maximal (450) de taches de protéines bien résolues, d'une plus grande résolution et d'abondance de taches. De plus, ces méthodes ont également généré des modèles de taches de protéines par électrophorèse sur gel bidimensionnelle remarquablement différents. Vingt-neuf des 30 protéines différentielles extraites visibles ont été identifiées par analyse MALDI-TOF-MS/MS et ont été divisées en huit catégories selon la fonction moléculaire. Les données accumulées suggèrent que différentes méthodes d'extraction nécessitent respectivement certains tissus végétaux spéciaux en raison des différentes propriétés physicochimiques de chaque protocole. Dans l'ensemble, cette étude, qui est présentée dans cet article, contribuera à fournir une pierre angulaire de l'analyse protéomique comparative des jeunes panicules de riz, y compris d'autres tissus végétaux complexes.